Specialista – bioinformatik se zaměřením na vývoj softwaru a webových aplikací v hematoonkologii

Děkan Lékařské fakulty Ostravské univerzity vyhlašuje výběrové řízení na pozici:

  • Specialista – bioinformatik se zaměřením na vývoj softwaru a webových aplikací v hematoonkologii

Kategorie: Neakademická

Pracoviště: Lékařská fakulta, Ostravská univerzita

Specifikace pracoviště: Klinika hematoonkologie

Typ systemizovaného místa: Specialista II

Informace o projektu/grantu:

Výzkumný program VP6 Výzkum a vývoj nových terapeutických metod u krevních nádorů.

Pracovní pozice vznikla za finanční podpory Evropské unie v rámci projektu LERCO s reg. číslem CZ.10.03.01/00/22_003/0000003, prostřednictvím Operačního programu spravedlivá transformace.

Popis pracovní náplně:

  • Vyvíjí a optimalizuje bioinformatické aplikace a analytické pipeline pro automatizované zpracování sekvenačních dat DNA a RNA.
  • Převádí stávající analytické pipeline ze Snakemake do Nextflow a zajišťuje kontejnerizaci výpočetních prostředí pro reprodukovatelnost analýz.
  • Provádí bioinformatické analýzy sekvenačních dat na výpočetních clusterech a superpočítačích.
  • Podílí se na vývoji a správě webových aplikací a nástrojů pro zpřístupnění bioinformatických analýz a jejich výsledků.
  • Zajišťuje údržbu, dokumentaci a průběžný rozvoj bioinformatického softwaru a analytických postupů.
  • Spolupracuje s výzkumným týmem na interpretaci výsledků, přípravě odborných publikací a vzdělávacích aktivitách v oblasti bioinformatiky.

Kvalifikační předpoklady – požadujeme:

  • Ukončené vysokoškolské vzdělání minimálně magisterského stupně v oboru biologie, bioinformatika nebo informatika.
  • Praktická zkušenost s vývojem bioinformatických aplikací a analytických pipeline.
  • Znalost programovacích jazyků Bash, Python a R.
  • Znalost nástrojů Git a GitHub a správce balíčků Conda.
  • Znalost nástrojů pro řízení analytických workflow Snakemake nebo Nextflow.
  • Zkušenost s vývojem webových aplikací.
  • Zkušenost s prací na výpočetních clusterech nebo superpočítačích.
  • Zkušenost s biologicky nebo biomedicínsky zaměřeným výzkumem.
  • Znalost anglického jazyka (C1) pro dorozumění se s našimi zahraničními vědeckými pracovníky a se zahraničními dodavateli.
  • Schopnost efektivně komunikovat.
  • Schopnost samostatné i týmové práce.
  • Spolehlivost, pečlivost, proaktivní a zodpovědný přístup.
  • Velmi dobré organizační schopnosti a ochota rychle se učit nové postupy.

Kvalifikační předpoklady – výhodou:

  • Znalost kontejnerizačních nástrojů Docker a Singularity.
  • Teoretické znalosti molekulární biologie a hematologie.
  • Ukázky vlastní softwarové práce dostupné v repozitáři GitHub nebo GitLab.

Předpokládaný pracovní úvazek: 100 %

Doba trvání pracovního poměru:

  • Na dobu určitou, po dobu realizace projektu LERCO – do 31. 12. 2027.

Předpokládaný termín nástupu: Leden 2027 nebo dle dohody.

Mzdové podmínky:

Mzda se odvíjí od zařazení dle vnitřního mzdového předpisu univerzity a je odvislá rovněž od zkušeností uchazeče.

Benefity:

  • 6 týdnů dovolené za kalendářní rok.
  • 5 dnů volna k léčení.
  • Stravenky v hodnotě 123 Kč/den.
  • Pružná pracovní doba a možnost příležitostného výkonu práce z domova.
  • Podpora sportovních aktivit, např. prostřednictvím zaměstnaneckého programu MultiSport.
  • Kurzy anglického jazyka a jiné vzdělávací kurzy.
  • Slevy na nájemném u společnosti Heimstaden.
  • Školka Elánek pro děti zaměstnanců a 50% sleva na školkovném.
  • Služby Univerzitní knihovny a přístup k e-knihám zdarma.
  • 15% sleva na knihy v Univerzitním obchodu a knihkupectví – OUShopu.
  • Zvýhodněné ceny mobilních tarifů v rámci benefitního programu T-mobile.
  • Práce v profesionálním týmu u stabilního zaměstnavatele.
  • Vstřícná politika a kultura organizace, příjemné pracovní prostředí.

Jazyk, ve kterém proběhne výběrové řízení: český a/nebo anglický.

Požadované dokumenty od účastníka:

Lhůta pro včasné podání žádosti: Do 20. 11. 2026 (včetně)

Informace o výběrovém řízení:

1. kolo – posouzení zaslaných dokumentů, bez osobní přítomnosti uchazečů.

2. kolo – osobní pohovor s vybranými uchazeči.

Děkan Lékařské fakulty OU si vyhrazuje právo pozvat k osobnímu pohovoru pouze vybrané uchazeče a rovněž právo nevybrat žádného uchazeče. Výběrové řízení může zrušeno nebo vyhlášeno opakovaně.

Kontakt: Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.